ลักษณะชายฝั่งของอุทยานแห่งชาติ เป็นชายฝั่งจมตัวเป็นผล ให้ชายหาดตลอดแนวฝั่งแคบ มีลำน้ำสายสั้นขนาดเล็กจำนวนมากจากที่สูงตอนใน แผ่นดินไหลออกสู่ทะเลอันดามัน ประกอบด้วย คลองของ คลองลัดโนด คลองขุด และคลอง    บางเบน ซึ่งแม่น้ำลำคลองเหล่านี้ได้พัดพาตะกอนดิน มาทับถม  ตามปากแม่น้ำและชายฝั่ง ทำให้ลักษณะชายฝั่งบริเวณปากแม่น้ำ ลำคลองถูกปกคลุมไปด้วยป่าโกงกาง พันธุ์ไม้ที่พบมี โกงกาง ใบใหญ่ โกงกางใบเล็ก พังกาหัวสุม ถั่วดำ ถั่วขาว ตะบูนขาว และตะบูนดำตรงจะพบไม้ลำแพน แสมขาว และ โปรงแดง เพิ่มขึ้นอีก ในบริเวณชายหาดจะพบ ไม้ป่าชายหาด ซึ่งมีลักษณะเป็นป่าโปร่ง พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ สนทะเล หยีทะเล และจิกเล สำหรับในบริเวณส่วนกลางของของเกาะต่างๆ และบริเวณ เขาของเกาะบางเบน เขาปากเตรียม เป็นป่าดงดิบ พันธุ์ไม้ที่พบเป็นพวกไม้ยาง หวาย และระกำ ในช่วงฤดูร้อนเป็นช่วงที่เหมาะสมที่สุดในการมาเยือน